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Finodomante nobile Troiano vien fatto uccidere per odio da Laomedonte re di Troia, le tre figlie fuggono da Troia ed approdano al Crimiso, con loro viaggia un giovane che durante il viaggio sposa una delle fanciulle, Egesta. Arrivati in Sicilia nasce Aceste, il fondatore della Città il medesimo che poi accoglierà ospitalmente Enea e i suoi compagni sfuggiti all'eccidio di Troia. E parte del mito è ancora l'ipotesi che lega la nascita di Aceste al Crimiso.
E' popolo misterioso quello Elimo, sulla cui origine autoctona o orientale ancora gli storici si dividono. Sembra comunque assodata l'origine non greca e che tale origine sia stata alla base della rivalità continua con Selinunte cui probabilmente impediva lo sbocco nel Tirreno.
Si ritiene che i primi scontri tra Segesta e Selinunte risalgano al 580 - 576 a.C. Altro episodio noto è quello del 454 a.C. . Poi nel 415 a. C. a seguito della richiesta di aiuto ad Atene, quest'ultima interviene, ma tale intervento si risolve in un disastro. Quindi si allea con i Cartaginesi, e ne scaturisce la guerra che porta alla distruzione di Gela, Imera, Agrigento e Selinunte. Subisce quindi il dominio di Cartagine ingombrante alleata. Poi nel 397 paga il prezzo di tale alleanza subendo l'assedio di Dionisi. Prima alleata di Agatocle, fu quindi dallo stesso Agatocle distrutta e circa diecimila dei suoi abitanti furono passati per le armi.
Rinasce e si allea di nuovo con i Cartaginesi, ma all'inizio della prima guerra punica fu lesta a passare dalla parte dei romani ed ancora una volta fu assediata (260 a.C). Ma la prontezza nella scelta di campo gli valse la concessione di privilegi ed un trattamento di rispetto. Nel 104 a.C. una rivolta di schiavi guidati da tale Atenione parte da Segesta.
Il suo territorio fu teatro delle malefatte di Verre, si ritiene che infine sia stata distrutta dai vandali, e che rinata in parte sia stata ulteriormente distrutta in data imprecisata. I primi scavi risalgono al 1822 intorno al teatro ad opera del Duca di Serradifalco, Presidente della Commissione di Antichità e Belle Arti della Sicilia e quindi nel 1834 i primi scavi dell'area del Tempio.
Il Teatro posto dentro la cinta muraria della città viene datato intorno alla metà del terzo secolo a.C. E' collocato ad oriente dell'acropoli, incassato parzialmente nella roccia,e si ritiene capace di ottomila spettatori. La cavea, emisferica, ha le estremità laterali prolungate di circa tre metri, ha un diametro di ml. 64,51, ed è divisa da sei scale in 7 settori. Nel 1927 sotto la cavea furono rinvenuti in una grotta reperti di epoca preistorica.
Il tempio, è senza alcun dubbio il più noto tra i monumenti , in ragione della sua propria bellezza, ma anche dello scenario naturale in cui è inserito, agavi, ginestre, cui fa da quinta il Bosco della Pispisa. Pare sia stato costruito nel V secolo a.C. in data anteriore alla richiesta di aiuto da parte dei segestani ad Atene, ed a Cartagine, vi è chi sostiene che si tratti di un'opera incompiuta, ed altri che sostengono trattarsi di un peristilio per un qualche culto all'aperto, da parte della popolazione non greca di Segesta. Tempio e teatro sono i monumenti più noti, , ma non sono gli unici, nel tempo altri notevoli e non meno importanti resti sono venuti alla luce, quali il cosiddetto Santuario di Contrada Mango. Tale edificio di considerevoli dimensioni (83,40 x 47,80) è posto alle pendici del Monte Barbaro, ai piedi dell'acropoli in direzione Sud-Est ed è databile si ritiene al VI-V secolo a.C.
Più di recente un notevole impulso agli scavi è venuto dalla Soprintendenza di Trapani in collaborazione con istituti universitari, che avvalendosi di sofisticate tecniche di ripresa aerea hanno portato al rinvenimento nei pressi del Teatro di edifici di epoca Arabo-Bizantina, tra i quali un Castello ed una Moschea, delle diverse cinte di mura, delle Porte della Città e del sistema di viabilità.
Nel frattempo ha preso corpo il progetto di parco archeologico, che tra le altre cose ha permesso il restauro di alcuni edifici esistenti all'interno del parco.
